中等部の授業は2002年度からの週5日制実施にともない、1日6時限で週30時限となっています。授業時間は45分単位で、2時限と3時限の間には毎日礼拝を行います。
国語、数学、英語の基礎教科、外国人教師の英会話、理科の実験授業および技術家庭科で少人数制を実施、数学の授業で習熟度別クラス制を導入するなど、基礎学力の充実と同時にバランスのとれた人間形成を目指したカリキュラム編成となっています。
また、3年生の選択授業では、ほぼ全教科にわたって興味深い講座を用意しています。

授業内容は、中学校として要請される課程をふまえていますが、本校では高中部6カ年の中の前半であり、またその後は全員大学あるいは短大に進むという観点から、いわゆる知識の詰め込みには終わらない勉強を目指しています。その点、大学受験に重点をおいた一貫校とは少し違った意味合いをもっているといえます。